تجرى خلال عام 1965 م ويتم خلالها تشكيل ادارة الشئون التعليمية وادارة الشئون الادارية والنفسية بالاكاديمية وتنتهى قبل 1/1/1966 م وبدات الدراسة فى كلية الحرب العليا فى مارس 1965 م .

تجرى هذة المرحلة خلال عام 1966 م ويتم خلالها ايجاد نوتة لهيئة التدريس بالكلية وتنتهى قبل 1/1/1967 وتم خلال هذة المرحلة عقد الدورة الاولى فى كلية الدفاع الوطنى فى سنة 1966 م وكان اللواء اركان حرب / احمد حسنى عيد هو اول مدير لكلية الدفاع الوطنى .

تجرى هذة المرحلة خلال عامى 1967 / 1968 م ويتم خلالها استكمال هيئة التدريس بالاكاديمية والوصول الى نسبة 100 % من المرتبات المقررة للاكاديمية وتنتهى قبل 1/1/ 1969 .